囚禁在阴森可怕的巴黎圣殿塔里面，后来他机智地逃了出来。他对波拿巴尤其鄙视，因此在很多公开信中都对波拿巴进行了嘲讽。但并不是每个人都对史密斯的说法深信不疑。一个观察者这样写道：他是一个“热情的人，永远富有活力，极其自负，没有什么固定的目的可以拯救那个总是在劝说别人的人，西德尼·史密斯是骑士当中最出色的人”。在正常生活中他是个荒谬可笑的人，但是在危机中他却是个有着英雄气概的人。

史密斯和“屠夫”之间有着良好的关系。史密斯这个英国人很羡慕“屠夫”有把闪闪发光的大马士革短剑，而“屠夫”也无时无刻不把它带在身边，“屠夫”曾夸耀说：“我带的这把剑从来没有出过毛病，它已经割下过很多人的脑袋了。”史密斯想要“屠夫”证明给他看，于是“屠夫”让人牵过来一头牛，他只一下便把牛的头给割下了。史密斯将他的八十八个水手与“屠夫”的多国卫队整合到一起，共同抗击拿破仑，结果波拿巴发动了三次针对阿克的进攻，而两人都合作共同奋力击退了这三次进攻。当奥斯曼土耳其的援军到达时，法国人对阿克的围困已经延长到第三个月，这时法国的将领们开始变得焦躁不安起来。

截至1799年5月21日，拿破仑的军队里已有一千二百人死亡，两千三百人生病或受伤。拿破仑决定带领军队向埃及撤军。当时，有八百个法国士兵因病留在雅法。由于这些人会减缓部队撤退的速度，拿破仑命令他的私人医生们将这些伤兵杀掉。当这些法国医生拒绝执行命令时，一个土耳其医生自告奋勇对这些病人使用了致命的鸦片酊。难怪法国将领让-巴普蒂斯特·克莱贝尔（Jean-Baptiste Klebér）将军反思说：“我们在圣地犯了不计其数的罪，做了大量的蠢事。”两千多个耶路撒冷人在该市总督的率领下，骑马追赶并骚扰正在撤退的法国军队。当那不勒斯的农民战士们冲进雅法时，史密斯以呼吁耶路撒冷人恢复秩序的方式试图阻止他们对基督徒的屠杀。